home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1996 March / macformat-035.iso / Shareware City / Science / DNA stacks 1.1 / Sample Input⁄Output / 12S rRNA / Samples to input / EuGene (example input) next >
Encoding:
Text File  |  1990-11-15  |  4.7 KB  |  104 lines  |  [TEXT/MSWD]
  1. *   1------------------------------------------------------------------------*
  2. *** 
  3. *** SAMPLE ALIGNED NUCLEOTIDE DATA ALIGNED 8/31/90 
  4. *** WITH DOOLITTLE SUBPROGRAM OF MBIR PACKAGE (EUGENE)
  5. *** CONVERT THIS DATA BY SELECTING CONVERT N-IN TO… BOTH UNDER N-IN MENU
  6. *** TAXA ARE COW, HUMAN, MOUSE & XENOPUS (FROG), AND PARACENTROTUS (URCHIN)
  7. *** ALL SEQUENCES EXTRACTED FROM GENBANK
  8. *** GENE IS PORTION OF SMALL RIBOSOMAL RNA-ENCODING MTDNA
  9. *** NO ATTEMPT HAS BEEN MADE TO FIND A MORE OPTIMAL ALIGNMENT FOR THIS DATA
  10. ***
  11.  REPORT: '(multalign -ms -n -f 0_{12s-vert+zurch -tr -op 2.5 -in 0.5   )' (
  12.  89 lines)
  13. *   1------------------------------------------------------------------------*
  14. *** SHOW SEQUENCE ALIGNMENT
  15.  
  16. *** Aligned sequences:
  17. C1 ( 1f): |>u 1280>----- vertcow (439 bases)----->u 842>|
  18. C2 ( 1f): |>u 1496>----- verthum (431 bases)----->u 1066>|
  19. C3 ( 1f): |>u 919>----- vertmus (436 bases)----->u 484>|
  20. C4 ( 1f): |>u 2915>----- vertxen (432 bases)----->u 2484>|
  21. C5 ( 1f): |>u 883>----- zurchin (406 bases)----->u 478>|
  22.  
  23. *** Alignment of first sequence with all others displayed
  24. *** Key:
  25.     UPPER CASE = aligned non-identical bases
  26.     lower case = unaligned bases
  27.     ---------- = aligned identical bases
  28.     .......... = gap
  29.  
  30.         vertcow : AGGGTGACGGGCGGTGTGTGCGTGCTTCATGGCCTAATTCAA.CTAAGCACTCTATTCTT
  31.         verthum : -------------------A--C------G----CTG-----.------------C----
  32.         vertmus : -----------------------A------T--TC-------t.-----T----------
  33.         vertxen : ----------------------C---C--G----GTT--A--gAGG-A-T----TG-T-C
  34.         zurchin : --A----------A-----A--CAT-C--GA--TCTT----g.-CCCATTT------TGG
  35.  
  36.         vertcow : AGTTTACTGCTAAATCCTCCTTTGGTT..ATTGGTTTCATAA.TAACTTTCGTGCTTGAT
  37.         verthum : -----------------A----C-ACCc.T-AA--------a.GGG--A----..A.-T-
  38.         vertmus : -A------A-------------A-TCC..T--A---------aGGG.-A-A--..AATG-
  39.         vertxen : TC---------------G-----TC-CgaTC----------GaG-T-------..-.T--
  40.         zurchin : G-C--------G-----AA---CTAAAga----.------TTc--T.-----C..-.-G-
  41.  
  42.         vertcow : TCTCTTGGTGTAGAGAATGTAGCCCATTTCTTCCCATTTCATAGGTTACACCTTGACCTA
  43.         verthum : -.---G--.-----A-----------------G---CC----G--C--------------
  44.         vertmus : ---T--AT.AA.--A---------------------------T--C--------------
  45.         vertxen : ---AAG-T.A----A---------------------C------T-C-------------G
  46.         zurchin : CG-....T.AA-A-C-T------T--C-CA------GC-T--GT-C-G--------T--G
  47.  
  48.         vertcow : ACGTTTTTATGTATCATAATTA..CGCTTACTTTTTTTCCTTTTT.AGGGTTTGCTGAAG
  49.         verthum : ----C----C--GGGTACT-g...----------G-AG----CA-c--------------
  50.         vertmus : ------------T-G--TC--Ttg-..-------.AA-A-C----t--------------
  51.         vertxen : ----G--G---A-AA--C----..A--C----AAGAA--TC-CACg---.-GG----GC-
  52.         zurchin : ----C-GG..-A--TT-CCC--ggA--CA----......TC--AAg-A-.-AGA--T-C-
  53.  
  54.         vertcow : ATGGCGGTATATAGACTGTATTAGCAAGAATTGGTGAGGTTTATCGGGGTTTATCGATTA
  55.         verthum : --------------G---A....------GG----------G------------------
  56.         vertmus : --------------G---A----------GA---------AG-G----------------
  57.         vertxen : -C--T---------G-G-GT--G-------G------------G--A--GG---------
  58.         zurchin : -C-AT------C-AG---AT---.---A-G----------G-T---T--A---------C
  59.  
  60.         vertcow : TAGAACAGGCTCCTCTAGAAGGATATAAAGCACCGCCAAGTCCTTTGAGTTTTAAGCTGT
  61.         verthum : C------------------G------G-----------G---------------------
  62.         vertmus : -------------------T----------T---------------------------A-
  63.         vertxen : C-----------------GT--G-T-GG-------------------G----------TA
  64.         zurchin : A-TGG--A----.--C--GGA-G---GG-AA------------------------A--T-
  65.  
  66.         vertcow : T.GCTAGTAGTACTCTGGCGAATAATTTTGTTTATGTAA.TTATCTGTGTTTAGGGCTAA
  67.         verthum : G.---C-----GT--------GC-G-------G-.T-T-aC-G-TGAG------------
  68.         vertmus : G.---------T-------A----G-------A-AT-T-a----T-AG-----T------
  69.         vertxen : G.---C-----..-------....GA---.--GC.----g-AG--AAA-----T-----G
  70.         zurchin : -a-T-T-----..---CTG-...........-GC.T--Gg--G-......---C-T----
  71.  
  72.         vertcow : GCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
  73.         verthum : ----------------------------
  74.         vertmus : ----------------------------
  75.         vertxen : ----------------------------
  76.         zurchin : -T-----A-------------TG----A
  77.  
  78. Phylogenetic Tree Built by Progressive Alignment:
  79.  
  80. Key:
  81.     o - indicates node
  82.     > - indicates terminal sequence
  83.     (number) indicates distance to previous node
  84.     (root) node represents an average of all aligned sequences
  85.  
  86. o (root)
  87. |
  88. +----o (11.7)
  89. |    |
  90. |    +----o (9.8)
  91. |    |    |
  92. |    |    +----> verthum (18.2)
  93. |    |    |
  94. |    |    +----o (6.4)
  95. |    |         |
  96. |    |         +----> vertcow (11.0)
  97. |    |         |
  98. |    |         +----> vertmus (11.6)
  99. |    |
  100. |    +----> vertxen (28.0)
  101. |
  102. +----> zurchin (44.6)
  103. *----------------------------------------------------------------------------*
  104.